Prezident İlham Əliyevin “Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təsdiq edilməsi haqqında” 2010-cu il 27 dekabr tarixli 1251 nömrəli və “Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin strukturunun təkmilləşdirilməsi haqqında” 2014-cü il 24 iyul tarixli 664 nömrəli sərəncamlarında dəyişiklik edilməsi barədə” sərəncamına əsasən Sabirabad, Saatlı, İmişli və Beyləqan rayon təhsil şöbələrinin əsasında Mil-Muğan Regional Təhsil İdarəsi yaradılıb.

Mil-Muğan Regional Təhsil İdarəsinin tabeliyində 250 ümumtəhsil müəssisəsi, 91 məktəbəqədər təhsil müəssisəsi, 6 məktəbdənkənar təhsil müəssisəsi fəaliyyət göstərir.